วันที่ 4 เม.ย.2563 นายเชิดเกียรติ อัตถากร อธิบดีกรมสารนิเทศและโฆษกกระทรวงการต่างประเทศปฏิเสธรายงานข่าวว่า กระทรวงการต่างประเทศฝ่าฝืนคำสั่งนายกรัฐมนตรี โดยออกเอกสารให้คนเดินทางเข้าประเทศ หลังจากที่มีการประกาศการชะลอการเลื่อนการเข้าไทยไปถึง 15​ เมษายน​ 2563​ ดังนี้

1.เมื่อมีประกาศให้ชะลอการเดินทางเข้าประเทศของคนไทย เมื่อวันที่ 2 เมษายน 2563 สถานเอกอัครราชทูตและสถานกงสุลใหญ่ของไทยได้หยุดรับลงทะเบียนออกหนังสือรับรองเพื่อเดินทางกลับทุกช่องทาง รวมทั้งปิดระบบลงทะเบียนออนไลน์ของกระทรวงการต่างประเทศ นอกจากนี้ ได้ขอให้คนไทยเคร่งครัดในการหาใบรับรองแพทย์ fit to fly ที่มีอายุไม่เกิน 72 ชม. ก่อนเดินทางกลับ ตามข้อกำหนดที่ออกตาม พรก.สถานการณ์ฉุกเฉิน

2.กลุ่มผู้โดยสารที่เดินทางกลับเข้ามา ตามรายงานข่าว​ คือกลุ่มในช่วงรอยต่อ​ ซึ่งยังเดินทางขึ้นเครื่องเข้ามาได้เพราะมีหนังสือรับรองและใบรับรองแพทย์ fit to fly อายุ 72 ชม. ที่ออกก่อนหน้าจะมีประกาศให้ชะลอการเดินทาง

3.ในเรื่องกักกันเฝ้าระวังโรค (quarantine) หลายสถานทูตได้ระบุในประกาศของสถานทูตด้วยแล้ว ว่าหากกลับมาในช่วงนี้ จะถูกกักกันตัวในทุกกรณี ในสถานที่ที่หน่วยงานของรัฐกำหนด 14 วัน นอกจากนี้ ในแบบฟอร์มออนไลน์ขอหนังสือรับรองจากสถานทูต ก็ได้ระบุเตือนเรื่องนี้ไว้ด้วยแล้ว

ดังนั้น รายงานข่าวว่า กระทรวงการต่างประเทศฝืนคำสั่งนายกรัฐมนตรี จึงไม่เป็นความจริง

ทั้งนี้มีรายงานข่าวว่า หลังจากที่พล.อ.ประยุทธ์ จันทร์โอชา นายกรัฐมนตรีและรมว.กลาโหม มีคำสั่งให้กระทรวงการต่างประเทศ ชะลอการเดินทางเข้าประเทศของคนไทยและคนต่างชาติ ตั้งแต่วันที่  2 เมษายน จนถึงวันที่ 15 เมษายน นี้ แต่ปรากฎว่า กระทรวงการต่างประเทศ ยังคงออกเอกสารรับรองให้คนไทย และคนต่างชาติ เดินทางเข้าประเทศไทย ตามปกติและเมื่อเวลา 20.00 น.วันที่ 3 เมษายนที่ผ่านมา มีกลุ่มคนไทยมากกว่า 100 คนเดินทางมาถึงสนามบินสุวรรณภูมิ และปฏิเสธที่จะเข้ารับการกักตัวตามมาตรการของรัฐบาล ซึ่งจัดสถานที่ไว้รอรับที่ อ.สัตหีบ และ โรงแรม อีก 2แห่ง ในกรุงเทพมหานคร โดยอ้างว่า ไม่ทราบว่ามีมาตรการดังกล่าว

กลุ่มผู้โดยสารที่เดินทางมาถึงสุวรรณภูมิ เรียกร้องให้รัฐบาลส่งตัวแทนมาชี้แจง และทำท่าจะลุกลามเป็นการชุมนุมต่อต้านเจ้าหน้าที่รัฐ แต่ต่อมา เจ้าหน้าที่ทหารระดับพลตรี ได้เข้ามาคุมสถานการณ์ และเปิดการเจรจากับผู้เดินทาง ประมาณ 20 นาที ก่อนจะอนุญาตให้ทุกคนเดินทางกลับบ้านได้ โดยกำชับให้ทุกคนต้องกักตัวเอง 14วัน แม้ว่า เจ้าหน้าที่กระทรวงสาธารณสุข จะคัดคัดค้าน แต่ไม่สามารถควบคุมตัวผู้เดินทางทั้งหมดได้ 

การเดินทางมาจากต่างประเทศของคนไทยและคนต่างชาติ ในระยะเวลา 2 สัปดาห์ที่ผ่านมา เป็นสาเหตุหลักที่ทำให้ผู้ติดเชื้อในประเทศไทยเพิ่มขึ้น เนื่องจาก เมื่อกลับมาแล้วไ่ม่ยอมกักตัว และเดินทางไปในสถานที่ต่างๆ จนเป็นเหตุให้นายกรัฐมนตรีออกคำสั่งให้มีการชะลอการเดินทางเข้าประเทศไทย ทั้งคนไทยและชาวต่างชาติ แต่เหตุการณ์ที่เกิดขึ้นนี้  เป็นที่น่าสังเกตว่า แม้จะเป็นคำสั่งของนายกรัฐมนตรี ในฐานะผู้อำนวยการศูนย์อำนวยการสถานการณ์ฉุกเฉิน ก็ยังมีหน่วยราชการ ฝ่าฝืนคำสั่งและไม่ปฏิบัติตาม 

อย่างไรก็ตาม สถานการณ์ล่าสุด หลังจากที่มีการละเมิดคำสั่งทั้งคำสั่งชะลอการเดินทางเข้าประเทศ และการไม่ยอมรับการกักตัวในสถานที่รัฐกำหนด นายกรัฐมนตรี ได้เรียกประชุมหน่วยงานที่เกี่ยวข้อง เป็นการด่วน ในวันพรุ่งนี้ เวลา 9.00 น.

อย่างไรก็ตามมีประกาศตามมาว่า